Para crear subdominios como si fueran dominios independientes, tiene que crearlo como si fuera un dominio, osea creando un subdominio por cada usuario.
Si crea un subdominio desde el DirectAdmin de un dominio (desde el panel principal) esto no funcionará porque no es un subdominio independiente, es prácticamente una redirección a una carpeta.
Para poder usar cuentas de e-mail de tipo juan@juan.midominio.com o info@web1.midominio.com debe crear el subdominio como si fuera un dominio nuevo.
Esto se puede hacer desde:
Administración de dominio -> añadir dominio o creando un usuario nuevo -> en el campo de dominio pone el subdominio completo (juan.midominio.com).